Organi Mednarodne fakultete za družbene in poslovne študije so:
Senat,
Akademski zbor,
Upravni odbor,
Dekan,
Direktor,
Študentski svet.
Senat
Senat je najvišji strokovni organ, ki ga sestavlja devet članov, in sicer sedem visokošolskih učiteljev in znanstvenih delavcev ter dva člana Študentskega sveta MFDPŠ. Dekan MFDPŠ je član Senata MFDPŠ po položaju.
Člani senata:
prof. dr. Daniel Melavc.
izr. prof. dr. Mitja I. Tavčar.
izr. prof. dr. Andrej Koren.
izr. prof. dr. Drago Dubrovski.
doc. dr. Kristijan Musek Lešnik.
doc. dr. Špelca Mežnar.
Dekan fakultete je član senata po funkciji.
predstavniki Študentskega sveta MFDPŠ.
Akademski zbor
Akademski zbor MFDPŠ sestavljajo vsi visokošolski učitelji, znanstveni delavci ter visokošolski in raziskovalni sodelavci, ki sodelujejo v izobraževalnem in raziskovalnem procesu. Pri njegovem delu sodelujejo tudi predstavniki študentov, katerih število predstavlja petino članov Akademskega zbora.
Predsednik akademskega zbora: red. prof. dr. Daniel Melavc.
Namestnik predsednika akademskega zbora: doc. dr. Špelca Mežnar.
Upravni odbor
Upravni odbor MFDPŠ je upravljalni organ fakultete in ima pet članov. Sestavljajo ga trije predstavniki ustanovitelja, predstavnik visokošolskih učiteljev oz. drugih delavcev fakultete in predstavnik gospodarstva oz. lokalne skupnosti.
Predsednik upravnega odbora: mag. Matjaž Pajk.
Namestnica predsednika upravnega odbora: Vilma Alina Šoba, univ. dipl. prav.
Dekan
Dekan MFDPŠ je poslovodni organ in strokovni vodja fakultete. Dekan doc. dr. Srečko Natek je bil imenovan na 21. seji Upravnega odbora MFDPŠ dne, 15. 6. 2010.
Prodekani
Dekan na podlagi mnenja Senata izmed visokošolskih učiteljev in znanstvenih sodelavcev imenuje prodekane MFDPŠ, in sicer prodekana za izobraževanje in prodekana za raziskovanje. Prodekanja za izobraževanje je pred. dr. Suzana Košir, prodekan za raziskovanje pa doc. dr. Valerij Dermol.
Direktor
Direktor je organ MFDPŠ, ki predstavlja in zastopa fakulteto po pooblastilu dekana. Direktorica mag. Anja Lesjakje bila imenovana na 15. seji Upravnega odbora MFDPŠ dne, 25. 9. 2009.
Študentski svet
Študentski svet MFDPŠ je predstavniški organ študentov MFDPŠ, določen z Zakonom o visokem šolstvu, Statutom MFDPŠ in Pravilnikom študentskega sveta. Študentski svet sestavlja devet študentov, predstavnikov dodiplomskih in podiplomskih študijskih programov. Študentski svet na prvi seji z večino glasov svojih članov izvoli predsednika, podpredsednika, dva člana Senata, enega člana Komisije za študentske zadeve in petino predstavnikov študentov v Akademskem zboru MFDPŠ, če poseben pravilnik ne določa drugače.
Staša Razpotnik, predsednica ŠS MFDPŠ
Polona Dolar, podpredsednica ŠS MFDPŠ
Anja Polanec, član Komisije za študentske zadeve
Rok Švab, član Senata MFDPŠ
Dragana Vrejić, članica Senata MFDPŠ
Tamara Mihevc, članica Komisije za kakovost in evalvacije
